种养结合长效运行机制缺乏、粪肥农田利用竞争力弱
种养结合涉及畜牧业、种植业、环境保护等不同行业和部门。在国家有关部门和各地政府的积极推动和支持下，种养结合废弃物利用取得了显著成效。2018 年1月《畜禽粪污土地承载力测算技术指南》发布，为各地优化调整畜牧业产业布局，促进农牧结合提供了方法标准，为畜禽粪污还田面积配套需求提供了依据。但目前我国种养循环效益链条不完整，长效运营机制缺乏，产品成本高、商品化水平低、农民参与积极性低等问题依旧突出，粪肥还田“最后一公里”途径不畅。主要存在 4 个方面问题。
有机肥市场竞争力远远低于化肥。粪肥和有机肥肥效长、见效慢、有异味、养分含量不稳定，与化肥肥效高且运输、储存、使用方便等特点形成对比；加之有机肥施用成本高，若按照大田作物亩均化肥施用量 100 kg 测算，施用化肥总成本为 250 元，而施用固体有机肥总成本为 500 多元。
专业化第三方服务机构能力明显不足。社会化服务组织数量少、规模小、服务能力弱。这些都导致了畜禽粪污还田利用在市场、管理、技术和社会方面无法得到有力的支持和推进。
部分粪肥可能还含有重金属和抗生素。贾武霞等对我国部分城市畜禽粪便中重金属分析表明，猪粪中铜（Cu）、锌（Zn）、镉（Cd）和砷（As）的平均含量分别为 506.3、2088.8、0.8 和 9.1 mg/kg；鸡粪中Cu、Zn、Cd 和 As 的平均含量分别是 61.7、429.7、0.5 和 11.3 mg/kg，部分受检畜禽粪污重金属超过国家《农用污泥中污染物控制标准》要求。
我国对于畜禽养殖业发展还没有提出以种养结合养分平衡管理为基础的准入制度，更缺乏适合不同区域、不同作物的种养结合操作指南。有的地方要求粪便肥水经过处理后达到灌溉水标准再用于农田，不仅增加成本还失去肥水价值。有的地方将环保与畜牧业发展对立起来，简单粗暴地拆迁关闭，有机肥施用不足、化肥过量施用，造成部分地区土壤退化严重、耕地质量整体水平偏低。而目前我国耕地土壤有机质含量不足1%的面积达到26%，整体有机质含量低于欧洲同类土壤的一半，全国中低产田面积占耕地总面积比例高达70%，耕地内在质量建设亟待加强。