实际推广中存在的主要问题
传统稻田养殖以一家一户分散经营为主，主要满足当地群众自食需求，现代稻田综合种养对技术、投入等要求更高，在实际推广中还面临诸多困难。
1．投入成本较大。稻田养殖需开挖沟涵、加固田埂，每亩成本需要200-400元，且每年需要维护，还需配套田间道路、给排水和电力工程等，部分地区易遭受水鸟危害，需建设防护设施和防止鱼虾逃跑的设施。此外，虾、鳖等价值较高的水产品苗种购置一次性投入较大，仅靠种养殖户自身投入存在较大困难。
2．技术服务支持较为薄弱。稻田综合种养需要同时掌握种植和养殖技术，部分农户技术应用不到位，影响了稻谷产量和养殖收益。基层农业技术推广单位缺乏种养殖复合型技术人才，综合服务能力较弱。社会化服务仍是短板，苗种供应、繁育和养殖技术推广、病害防治、市场信息服务等远不能满足农民的需求，制约了生产水平和经济效益的提高。
3．政策扶持力度不够。各地对稻田综合种养的扶持政策主要针对示范地区，覆盖面有限，缺乏全国层面的政策扶持。由于田间工程改造费和苗种购置费较高，农户又难以获得有效的金融支持，影响了农民参与的积极性。据湖南安乡县调查，70%的农户由于缺乏信贷支持或借贷手续繁琐，放弃了田间工程改造。
4．产业化经营水平低。稻田综合种养还处于产业起步阶段，种养区域分散，经营主体多数是小、弱、散的个体农户。种植和养殖产业联结机制不健全，养殖的水产品主要通过经纪人进行鲜销，农户在交易中话语权较弱。稻田养殖品种同质性较大，集中上市易造成市场价格下降，如果物流和加工能力跟不上，容易出现养殖水产品的“卖难”。