为了探索“他律”和“自律”之间的最佳结合点，加强机构全面监督制度的建设，提高项目运作质量和善款使用效率，从而达到“公正、透明、廉洁、高效、诚信”的工作目标，努力探索内外结合的监督机制创新。2009年7月，中国红十字基金会主动引进社会监督，成立由各界人士参与的社会监督委员会，设立社会监督委办公室，公开招募社会监督员，组织社会监督员对所实施的公益项目进行实地巡视和全方位监督，陆续发布一系列社会监督简报，以确保公益项目管理规范、公开透明。
社会监督委员会由25位来自政府有关部门、监察、审计、法律、媒体、学界、捐赠人、非营利组织等有关方面的社会各界代表人士组成，每届聘期为3年。社会监督委是决策机构，主要职责是制定章程、批准监督工作计划、听取监督情况报告、对中国红基会的工作提出质询和建议等。
社会监督办公室由中国红基会配备专职工作人员，作为社会监督委员会的执行机构，具体执行监督委的决定和决议，承担监督委的日常工作及秘书处委派的监督任务，编辑和发布《社会监督简报》、接受社会举报和群众投诉等。
社会监督员面向全社会公开招募，并经过简历筛选、笔试、面试等一系列环节最终确定，社会监督员每届任期1年。监督员接受社会监督委的委托，在监督办的具体组织和安排下，对中国红基会实施的公益项目进行巡视，向社会监督委提交巡视报告，并对中国红基会提出意见和建议。
在社会监督委的领导下，中国红基会围绕救灾、助医、助学等三大项目体系，分别组织了对机构当前主要项目的社会监督巡视活动，具体包括：
（1）对救灾项目的监督巡视。巡视对象包括5.12汶川地震灾后重建项目、“春雨行动”抗旱救灾项目、青海玉树灾后重建项目等。
（2）对“红十字天使计划”的巡视和回访。对“小天使基金”等大病救助项目及定点医院进行监督巡视，并对专项基金的受助对象进行随机抽查回访，调查项目的实施情况、救助效果和社会影响；对援建的博爱卫生院（站）项目进行巡视，检查其建设、管理、运行以及社会受益情况。
（3）对“博爱助学计划”的巡视和回访。对“博爱助学计划”援建的博爱中小学、红十字书库项目进行监督巡视，检查其建设、管理、运行以及社会受益情况。
中国红基会的社会监督机制是公益领域的重大创新，引起了社会公众、媒体舆论和有关部门的高度关注和一直好评，被评价为“中国公益组织在社会监督方面所迈出的具有实质意义的第一步”，并被国家民政部、中国社会工作协会、《公益时报》联合评选为“2009年度十大公益新闻”。